Istoria cetății Hărmanului se leagă de prezența Ordinului Cavalerilor Teutoni în Țara Bârsei în primele decenii ale secolului al XIII-lea la Feldioara, Prejmer, Râșnov și Sânpetru. Prima atestare documentară a așezării datează însă de la 21 martie 1240, la 15 ani după alungarea Cavalerilor Teutoni din aceste teritorii.
Probabil că în anul 1240, când a fost preluată de cistercienii de la Cârța, bazilica romanică cu trei nave să fi fost în construcție. Se păstrează din această etapă majoritatea elementelor de construcție. Interiorul bisericii este destul de heteroclit, astfel că pe lângă elementele cisterciene (ferestrele cu patru lobi traforați de deasupra celor în arc frânt) se conservă și o serie de elemente din diverse alte perioade.
Fortificația care înconjoară biserica a fost ridicată în secolul al XV-lea. Este formată dintr-un triplu cordon de curtine concentrice, asemănător fortificației de la Sânpetru. Zidul exterior, mai scund, cu o înălțime de doar 4,5 metri era menit să apere baza incintei. În același timp, stabilea limita șanțului cu apă care înconjura cetatea. Cel de-al treilea cordon de curtine care încercuia șanțul cu apă nu se mai păstreză. Zidul interior, înalt de 12 metri era prevăzut cu șapte turnuri devansate.
